В центре сюжета большинства игр серии — приключения группы положительных персонажей, сражающихся с каким-то угрожающим миру злом . Им зачастую противостоит некий воплощающий в себе это зло антагонист, «злодей» — харизматический лидер и манипулятор, чья деятельность прямо ведёт к концу света . Весьма характерным для большинства игр является положение о «двух злодеях», когда на протяжении значительной части истории основным противником героев выступает один антагонист, а потом ему на смену приходит другой, ранее занимавший приниженное положение или пребывавший в тени.
Большинство игр серии проводит идеи о бессмертии души и реинкарнациях: согласно внутренней мифологии ряда игр, человеческая душа после смерти тела не исчезает, а отправляется в некий «Поток жизни» или «Дальний мир», откуда возвращается для новых рождений . Души погибших героев могут и не раствориться в этом «потоке», а сопутствовать оставшимся в живых товарищам и помогать им «с того света» . В частности, в Final Fantasy XIII л’си после выполнения своей высшей миссии превращаются в кристаллы, тем самым обретая вечную жизнь. Многие части Final Fantasy содержат характерную тему апокалипсиса — угрожающего миру «судного дня», разрушения всего и вся, всеобщей гибели. В некоторых играх серии такие катастрофические события всё-таки происходят, но героям, даже несмотря на состоявшуюся катастрофу, удаётся уберечь мир от окончательной гибели.